本ブログ内に作成した（作成する予定）研究で使えるwebツールをまとめました。 お役に立てれば幸いです。 ツールたち 研究一般 濃度計算アプリ 濃度計算 | モル濃度、質量濃度 - LifeScience Hack 分子生物学 ベクター：インサートのモル比計算機 - LifeScie…
今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、 あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。 下準備 Google colaboratoryでRを使えるようにする ライブラリのインストール ライブラリの読み込み 作業ディレクトリの移動 Ball…
Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。 前…
おすすめはしません。 MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。 Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。 ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。 対象となる方 条件 注意 環境構築 Minicondaとラ…
RNA-seq解析シリーズです。 前回までに、 Hisat2によるマッピング、 StringTieによるカウントが終了しましたので、 今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。 これまでは、MacOSのターミナルやLinuxのコマンドラインを用いて行いましたが…
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。 StringTieというソフトを使用します。 ↓これまでの関連記事一覧↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com sam→bamへの変換 samtoolsのイン…
かなり間隔があいてしまいましたが、 論文情報をまとめて取るシリーズの最新版です。 今回はEFetchを用いて、アブストラクトを取ってこようと思います。 これまでの記事の内容が理解できていることを前提としたいと思います。 これまでの記事はこちら ● Pyth…
ベクターとインサートのライゲーションを行う際の、 モル比計算に便利な計算機を作成しました。
PCRを実施する際のアニーリング温度の参考に、 プライマーのTm値の計算機を作りました。 鋭意改良していきますので、こうしてほしいとかがあればコメントください。
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！ ↓これまでの記事はこちら↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com HISAT2のインストール リファレンスゲノムの取得 HISAT2のサイトからリファレンスゲノ…
超初心者向け!! RNA-seq解析シリーズの記事になります。 今回は、解析に使うデータを公共データベースからダウンロードしていきたいと思います。 これまでの記事はこちら↓ ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScien…
この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。 これまでの記事はこちら ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack ● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミ…
自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。 ●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」 ●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」 と考えている方は結構多いのかと思います。 企業などで研究費が一杯あればそれでいいのか…
Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、 RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！ という人のために、 同じような状況だった僕が、 今回からはPythonメインではないのですが、 RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと…
お久しぶりになりました。 相変わらず、ちょこまかといろいろやっております。 最近、UniProtからデータを引っこ抜くことが多いのですが、 UniProtからxmlでデータを取得した後、pythonのlxmlで目的の項目を抜き出す際に ちょっとしたトラップがありました。…
次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。 それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。 そこで、今回はPythonでこれらのファイルを解…
前回の記事を見ていただければ、Tm値の計算方法は分かったかとおもいます。 今回は、実際にPythonで実装していきたいと思います。 そんなに高度なことはありません。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方は…
それではいよいよTm値を計算していきましょう。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方はこちら lifesciencehack-ai.hatenablog.com ↓↓これまでの記事はこちら↓↓ ● PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう…
PythonでPCRプライマーのTm値計算機を作るシリーズです。 第1回の今回は、相補鎖配列の表示とGC含量の計算を行いたいと思います。 シリーズの中では比較的簡単ですが、Tm値計算機には必須の機能だと思います。 Pythonの基本的な機能、文字列の操作と計算で可…
lifesciencehack-ai.hatenablog.com 何かを作りながらPythonの基礎を学ぼうかと思います。 仕事で使えそうなもののほうがモチベーションが上がるので、 今回はPCRで使うプライマーのTm値計算機を作ってみます。 また、細かく書いていきたいのでシリーズにな…
今回はこれまでにゲットした情報をExcelに保存したいと思います。 これまでの記事はこちら ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする①~ PubMed APIについて~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする②~ 下準備 ~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする③~ ES…
PythonでPubmedから論文情報を取得するシリーズの続きです。 今回はESummaryを使って論文のタイトル等の情報をゲットしていきます。 前回までに検索で該当する論文のPMIDを取得できました。 これまでの記事はこちら ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする①…
前回までにPythonを使った論文情報取得のための準備が完了しました。 今回は実際にPythonを使って論文検索し、HitするPMIDを取得したいと思います。 ESearchについて Queryの作成 Requestsによる検索結果の取得 検索結果をresponseとして受け取る responseの…
今回はPythonでPubmed APIを使うための準備編です。 概要 パッケージのインストール パッケージのインポート
ブログのタイトルがLifeScience Hack with AIですが、 AIのことを書く前に、Pythonで研究生活を効率化する方法を書いていきたいと思います。研究生活の効率化の一つとして、論文調査がありますよね。 それをボタン一つでまとめる方法を細かく連載していきた…
もうずいぶん昔から、構造解析などの分野ではプログラムが必須なのは当たり前ですが、ここで言及したいのは、特定の分野ではなく、全生物学研究者にプログラミングの知識および扱えることが必要かとういうことです。要は、現在誰もがPCR実験をできるレベルで…
はじめまして、tottohamです。 ブログを作成するにあたり、自己紹介したいと思います。 ライフサイエンス系の研究に従事して早10年以上となりました。 現在は某製薬企業で研究職をしており、完全ウェットの人間です。
