hisat2
今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、 あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。 下準備 Google colaboratoryでRを使えるようにする ライブラリのインストール ライブラリの読み込み 作業ディレクトリの移動 Ball…
Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。 前…
おすすめはしません。 MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。 Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。 ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。 対象となる方 条件 注意 環境構築 Minicondaとラ…
RNA-seq解析シリーズです。 前回までに、 Hisat2によるマッピング、 StringTieによるカウントが終了しましたので、 今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。 これまでは、MacOSのターミナルやLinuxのコマンドラインを用いて行いましたが…
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。 StringTieというソフトを使用します。 ↓これまでの関連記事一覧↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com sam→bamへの変換 samtoolsのイン…
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！ ↓これまでの記事はこちら↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com HISAT2のインストール リファレンスゲノムの取得 HISAT2のサイトからリファレンスゲノ…
Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、 RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！ という人のために、 同じような状況だった僕が、 今回からはPythonメインではないのですが、 RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと…
