本記事は以下のURLに引っ越しました。 ブックマークお願いします！！ tcol.jp Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RN…

自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。 ●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」 ●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」 と考えている方は結構多いのかと思います。 企業などで研究費が一杯あればそれでいいのか…

次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。 それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。 そこで、今回はPythonでこれらのファイルを解…

この記事は以下のURLに引っ越します tcol.jp 前回の記事を見ていただければ、Tm値の計算方法は分かったかとおもいます。 今回は、実際にPythonで実装していきたいと思います。 そんなに高度なことはありません。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早…

この記事は以下のURLに引っ越します tcol.jp それではいよいよTm値を計算していきましょう。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方はこちら lifesciencehack-ai.hatenablog.com ↓↓これまでの記事はこちら↓↓ ●…

この記事は以下のURLに引っ越します。 tcol.jp PythonでPCRプライマーのTm値計算機を作るシリーズです。 第1回の今回は、相補鎖配列の表示とGC含量の計算を行いたいと思います。 シリーズの中では比較的簡単ですが、Tm値計算機には必須の機能だと思います。 …

この記事は以下のURLに引っ越します。 tcol.jp 何かを作りながらPythonの基礎を学ぼうかと思います。 仕事で使えそうなもののほうがモチベーションが上がるので、 今回はPCRで使うプライマーのTm値計算機を作ってみます。 また、細かく書いていきたいのでシ…

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