誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！ ↓これまでの記事はこちら↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com HISAT2のインストール リファレンスゲノムの取得 HISAT2のサイトからリファレンスゲノ…

超初心者向け!! RNA-seq解析シリーズの記事になります。 今回は、解析に使うデータを公共データベースからダウンロードしていきたいと思います。 これまでの記事はこちら↓ ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScien…

この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。 これまでの記事はこちら ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack ● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミ…

自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。 ●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」 ●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」 と考えている方は結構多いのかと思います。 企業などで研究費が一杯あればそれでいいのか…

Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、 RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！ という人のために、 同じような状況だった僕が、 今回からはPythonメインではないのですが、 RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと…

お久しぶりになりました。 相変わらず、ちょこまかといろいろやっております。 最近、UniProtからデータを引っこ抜くことが多いのですが、 UniProtからxmlでデータを取得した後、pythonのlxmlで目的の項目を抜き出す際に ちょっとしたトラップがありました。…

次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。 それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。 そこで、今回はPythonでこれらのファイルを解…

前回の記事を見ていただければ、Tm値の計算方法は分かったかとおもいます。 今回は、実際にPythonで実装していきたいと思います。 そんなに高度なことはありません。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方は…

それではいよいよTm値を計算していきましょう。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方はこちら lifesciencehack-ai.hatenablog.com ↓↓これまでの記事はこちら↓↓ ● PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう…

PythonでPCRプライマーのTm値計算機を作るシリーズです。 第1回の今回は、相補鎖配列の表示とGC含量の計算を行いたいと思います。 シリーズの中では比較的簡単ですが、Tm値計算機には必須の機能だと思います。 Pythonの基本的な機能、文字列の操作と計算で可…

lifesciencehack-ai.hatenablog.com 何かを作りながらPythonの基礎を学ぼうかと思います。 仕事で使えそうなもののほうがモチベーションが上がるので、 今回はPCRで使うプライマーのTm値計算機を作ってみます。 また、細かく書いていきたいのでシリーズにな…

今回はこれまでにゲットした情報をExcelに保存したいと思います。 これまでの記事はこちら ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする①~ PubMed APIについて~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする②~ 下準備 ~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする③~ ES…