この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。
これまでの記事はこちら
● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack
● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミナルでコマンドラインを使う - LifeScience Hack
今回はPCの環境構築をしていきたいと思います。
その前に
これからRNA-seqを行うにあたって、 マッピングやカウントを行うプログラムをmacに入れる必要があります。
例えば、マッピングを行うプログラムのHISAT2をインストールするには、
１．HISAT2をダウンロード
２．解凍
３．pathを通す
４．依存関係にあるパッケージを同様にインストール
といった作業をする必要があります。
しかし、コマンドを入力することすらしたことのない「超初心者」の私にとっては、pathを通すと言われてもなんのことだか分かりませんでした。
しかし、分からなくても大丈夫です。 これらの作業をまとめていい感じにしてくれる 初心者の救世主がいます！！
Homebrewというパッケージマネージャーです。
Homebrewのインストール
では、早速Homebrewをインストールしていきましょう。
Homebrewの仕組みなど知りたい方は、以下のサイトが参考になりました。
homebrewとは何者か。仕組みについて調べてみた - Qiita
インストール手順
1. 下記のリンクからhomebrewのページに飛びます。
macOS用パッケージマネージャー — Homebrew
2. 画像の赤枠の部分をコピーします。
3. ターミナルを起動し、$の後ろに先程コピーしたコマンドをペーストします。
#これをペースト /usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
==> This script will install: /usr/local/bin/brew /usr/local/share/doc/homebrew /usr/local/share/man/man1/brew.1 /usr/local/share/zsh/site-functions/_brew /usr/local/etc/bash_completion.d/brew /usr/local/Homebrew Press RETURN to continue or any other key to abort
と表示されますので、Enterキーを押してください。
#なんか色々とイントールされた後に下記のような表示がでる ==> Installation successful! ==> Homebrew has enabled anonymous aggregate formulae and cask analytics. Read the analytics documentation (and how to opt-out) here: https://docs.brew.sh/Analytics ==> Homebrew is run entirely by unpaid volunteers. Please consider donating: https://github.com/Homebrew/brew#donations ==> Next steps: - Run `brew help` to get started - Further documentation: https://docs.brew.sh
こうなればHomebrewのインストールは完了です。
試しに、$の後ろに
brew -h
と打ってみてください。
brew command not foundとならず、
色々と表示されていれば、homebrew無事インストール完了です。
RとRStudioのインストール
次に、後々の解析（特に可視化）に使用するために
RとRStudioをインストールしていきます。
方法は下記のQiita記事が参考になります。
qiita.com
上の記事の通り、Rをインストールした後にRStudioをインストールしましょう！！
ここは普段のOSのGUI上でソフトウェアをインストールするものと何ら変わりませんので、
詳しい方法は省略いたします。
RとRStudioのインストールが終わったら、環境構築は終了です。
次の記事では、公共データベースからRNA-seqデータをダウンロードし、
解析用のデータを集めていきたいと思います。
