Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、
RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！
という人のために、
同じような状況だった僕が、
今回からはPythonメインではないのですが、
RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと思います。
基本Macを使っての解析になります。
準備編
1. ターミナルでコマンドラインを使ってみる
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
2. Macの環境構築をしよう
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
解析編
3. 公共データベースからRNA-seqデータを取得
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
4. リファレンスゲノムの取得とHISAT2によるマッピング
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
5. StringTieによるマッピングされた配列のカウント
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
6. Ballgownによる発現差比較
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
7. ggplot2でデータを可視化
おまけ
8. Google ColaboratoryでRNA-seq解析してみる。
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
こんな感じでやっていこうかと思います。
記事ができました、こちらの項目にも直接リンクを貼っていきますので少々お待ち下さい。
