LifeScience Hack

生物系創薬研究者がAI(誇大表示)を手に入れるまでの過程(Python、Deep Learning、ライフサイエンス)

2021-01-01から1年間の記事一覧

研究お役立ツール

本ブログ内に作成した(作成する予定)研究で使えるwebツールをまとめました。 お役に立てれば幸いです。 ツールたち 研究一般 濃度計算アプリ 濃度計算 | モル濃度、質量濃度 - LifeScience Hack 分子生物学 ベクター:インサートのモル比計算機 - LifeScie…

MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ③〜Google ColaboratoryでBallgownを実行〜

今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、 あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。 下準備 Google colaboratoryでRを使えるようにする ライブラリのインストール ライブラリの読み込み 作業ディレクトリの移動 Ball…

MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ②〜Google ColaboratoryでHISAT2やStringTieを実行〜

Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。 前…

MacやLinuxを使わずにRNA-seqの解析を行う①~Google ColaboratoryでRNA-seq解析~準備編

おすすめはしません。 MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。 Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。 ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。 対象となる方 条件 注意 環境構築 Minicondaとラ…