LifeScience Hack

生物系創薬研究者がAI(誇大表示)を手に入れるまでの過程(Python、Deep Learning、ライフサイエンス)

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MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ③〜Google ColaboratoryでBallgownを実行〜

今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、 あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。 下準備 Google colaboratoryでRを使えるようにする ライブラリのインストール ライブラリの読み込み 作業ディレクトリの移動 Ball…

MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ②〜Google ColaboratoryでHISAT2やStringTieを実行〜

Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。 前…

ベクター:インサートのモル比計算機

ベクターとインサートのライゲーションを行う際の、 モル比計算に便利な計算機を作成しました。