今回の記事内容、果たして意味があるのか不要ですが、 あえてgoogle colaboratoryを使用して、Rでballgownを実行してみます。 下準備 Google colaboratoryでRを使えるようにする ライブラリのインストール ライブラリの読み込み 作業ディレクトリの移動 Ball…

Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。 前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。 lifesciencehack-ai.hatenablog.com 今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。 前…

おすすめはしません。 MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。 Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。 ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。 対象となる方 条件 注意 環境構築 Minicondaとラ…

RNA-seq解析シリーズです。 前回までに、 Hisat2によるマッピング、 StringTieによるカウントが終了しましたので、 今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。 これまでは、MacOSのターミナルやLinuxのコマンドラインを用いて行いましたが…

誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。 StringTieというソフトを使用します。 ↓これまでの関連記事一覧↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com sam→bamへの変換 samtoolsのイン…

誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！ 今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！ ↓これまでの記事はこちら↓ lifesciencehack-ai.hatenablog.com HISAT2のインストール リファレンスゲノムの取得 HISAT2のサイトからリファレンスゲノ…

超初心者向け!! RNA-seq解析シリーズの記事になります。 今回は、解析に使うデータを公共データベースからダウンロードしていきたいと思います。 これまでの記事はこちら↓ ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScien…

この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。 これまでの記事はこちら ● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack ● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミ…

自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。 ●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」 ●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」 と考えている方は結構多いのかと思います。 企業などで研究費が一杯あればそれでいいのか…

Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、 RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！ という人のために、 同じような状況だった僕が、 今回からはPythonメインではないのですが、 RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと…