おすすめはしません。 MacやLinuxユーザーは前の記事を参考にしてください。 Windowsユーザーやマシンパワーが弱く自前でRNA-seqができない人用です。 ちなみにWindows10ユーザーは頑張れば自前でできます。 対象となる方 条件 注意 環境構築 Minicondaとラ…

かなり間隔があいてしまいましたが、 論文情報をまとめて取るシリーズの最新版です。 今回はEFetchを用いて、アブストラクトを取ってこようと思います。 これまでの記事の内容が理解できていることを前提としたいと思います。 これまでの記事はこちら ● Pyth…

お久しぶりになりました。 相変わらず、ちょこまかといろいろやっております。 最近、UniProtからデータを引っこ抜くことが多いのですが、 UniProtからxmlでデータを取得した後、pythonのlxmlで目的の項目を抜き出す際に ちょっとしたトラップがありました。…

次世代シークエンサーの登場により、最近は数十Gから数百Gといった巨大なデータを扱うことが多くなってきました。 それに伴い、最近はLinux等で見られるtarファイルやtar.gzファイルを解凍する機会も多いです。 そこで、今回はPythonでこれらのファイルを解…

前回の記事を見ていただければ、Tm値の計算方法は分かったかとおもいます。 今回は、実際にPythonで実装していきたいと思います。 そんなに高度なことはありません。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方は…

それではいよいよTm値を計算していきましょう。 計算方法を知りたいのではなく、 手っ取り早く今、Tm値を計算したいんだよ！！という方はこちら lifesciencehack-ai.hatenablog.com ↓↓これまでの記事はこちら↓↓ ● PCRプライマーのTm値の計算機を作ってみよう…

PythonでPCRプライマーのTm値計算機を作るシリーズです。 第1回の今回は、相補鎖配列の表示とGC含量の計算を行いたいと思います。 シリーズの中では比較的簡単ですが、Tm値計算機には必須の機能だと思います。 Pythonの基本的な機能、文字列の操作と計算で可…

lifesciencehack-ai.hatenablog.com 何かを作りながらPythonの基礎を学ぼうかと思います。 仕事で使えそうなもののほうがモチベーションが上がるので、 今回はPCRで使うプライマーのTm値計算機を作ってみます。 また、細かく書いていきたいのでシリーズにな…

今回はこれまでにゲットした情報をExcelに保存したいと思います。 これまでの記事はこちら ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする①~ PubMed APIについて~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする②~ 下準備 ~ ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする③~ ES…

PythonでPubmedから論文情報を取得するシリーズの続きです。 今回はESummaryを使って論文のタイトル等の情報をゲットしていきます。 前回までに検索で該当する論文のPMIDを取得できました。 これまでの記事はこちら ● Pythonで論文情報をまとめてゲットする①…

前回までにPythonを使った論文情報取得のための準備が完了しました。 今回は実際にPythonを使って論文検索し、HitするPMIDを取得したいと思います。 ESearchについて Queryの作成 Requestsによる検索結果の取得 検索結果をresponseとして受け取る responseの…

今回はPythonでPubmed APIを使うための準備編です。 概要 パッケージのインストール パッケージのインポート

ブログのタイトルがLifeScience Hack with AIですが、 AIのことを書く前に、Pythonで研究生活を効率化する方法を書いていきたいと思います。研究生活の効率化の一つとして、論文調査がありますよね。 それをボタン一つでまとめる方法を細かく連載していきた…