ベクター：インサートのモル比計算機

ベクターとインサートのライゲーションを行う際の、
モル比計算に便利な計算機を作成しました。

プライマーのTm値計算機

PCRを実施する際のアニーリング温度の参考に、
プライマーのTm値の計算機を作りました。
鋭意改良していきますので、こうしてほしいとかがあればコメントください。

超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ④HISAT2でマッピングする

誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！
今回はRNA-seq解析のメインとも言えるマッピングを行なっていきます！

↓これまでの記事はこちら↓

lifesciencehack-ai.hatenablog.com

超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ③公共データベースからRNA-seqデータをダウンロード

超初心者向け!! RNA-seq解析シリーズの記事になります。
今回は、解析に使うデータを公共データベースからダウンロードしていきたいと思います。

これまでの記事はこちら↓

● 超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack

● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミナルでコマンドラインを使う - LifeScience Hack

● 超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ② 環境設定 - LifeScience Hack

超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ② 環境設定

この記事は、誰でもできる！！初心者向けRNA-seq解析シリーズの３つ目の記事になります。

これまでの記事はこちら

●　超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう - LifeScience Hack

●　超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミナルでコマンドラインを使う - LifeScience Hack

今回はPCの環境構築をしていきたいと思います。

超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ① ターミナルでコマンドラインを使う

自分でRNA-seqの解析をする方法をゼロから書いていきたいと思います。
●「RNA-seq解析は、専門知識がないとできない」
●「RNA-seqの解析は数万/sampleの外注で行う」

と考えている方は結構多いのかと思います。
企業などで研究費が一杯あればそれでいいのかと思いますが、
それだと、

● 公共データベースのRNA-seqデータを解析したい
● 研究費が切迫している

といったときに困ることもあるかと思います。
どんな方でもPCさえあれば、簡単にRNA-seqは解析できるのですが、
馴染みのない人にはハードルが高いかと思います。
実際に私もそうだったので、自分が苦労した点や引っかかった点を詳しく記載することで、
誰でも簡単にRNA-seq解析できるようになれば嬉しいというのが、今回の記事を書く動機です。

ほどほどのPCスペックがあればできるのですが、
それもむずかしいという方には、 Google Colaboratoryを使った方法もシリーズの最後に書きたいと思いますので、
少々お待ち下さい。

では早速、やってみましょう。

超初心者向け！！誰でもできる！！RNA-seqのデータを自分で解析しよう

Wetしかしたことない、コマンドラインなにそれ？な人でも、
RNA-seqくらい自分で解析できるようになりたい！！
という人のために、
同じような状況だった僕が、

今回からはPythonメインではないのですが、
RNA-seqデータの解析を自前でできるようにしたいと思います。

基本Macを使っての解析になります。