本ブログ内に作成した（作成する予定）研究で使えるwebツールをまとめました。
お役に立てれば幸いです。
ツールたち
研究一般
濃度計算アプリ 濃度計算 | モル濃度、質量濃度 - LifeScience Hack
分子生物学
ベクター：インサートのモル比計算機 - LifeScience Hack
プライマーのTm値計算機 - LifeScience Hack
プロトコール集
作成中
MacやLinuxを使わずにでRNA-seq解析を行う ②〜Google ColaboratoryでHISAT2やStringTieを実行〜
Google ColaboratoryだけでRNA-seq解析を終わらせるシリーズです。
前回までにcolaboratoryの設定とファイルの準備を行いました。
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
今回は、RNA-seqのキモともなるマッピングをgoogle colaboratoryで実行していきます。
前回の記事でも書きましたが、google driveが100GBないと厳しいです。
- 流れ
- 0. フォルダの準備
- 1. fastqのダウンロード
- 2. HISAT2でmapping
- 3. samtoolsでソーティングとバイナリファイルへの変換
- 4. stringtieでannotation付与
- 5. Mergeファイルの作成
- 6. Ballgown用ファイルの作成
- 保存フォルダの作成
- ballgownファイルの作成
超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ⑥ Ballgownで発現差解析
RNA-seq解析シリーズです。
前回までに、
Hisat2によるマッピング、
StringTieによるカウントが終了しましたので、
今回はBallgownによって発現差解析データを作成していきます。
これまでは、MacOSのターミナルやLinuxのコマンドラインを用いて行いましたが、
BallgownからはRを用いていきます。
↓↓これまでの記事はこちら↓↓
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
- 環境
- Ballgownのインストール
- サンプル情報ファイルの作成
- Ballgownの実行
- 作業ディレクトリの移動とサンプル情報の読み込み
- Ballgownの実行
超初心者向け！！RNA-seq解析シリーズ⑤StringTieの使い方
誰でもできるRNA-seq解析シリーズ！
今回はHISAT2によるマッピング結果をアセンブルし、発現差を比較するようにします。
StringTieというソフトを使用します。
↓これまでの関連記事一覧↓
lifesciencehack-ai.hatenablog.com
- sam→bamへの変換
- samtoolsのインストール
- samファイルをソートしてbamに変換
- samtoolsのコマンド説明
- StringTieでassembleする
Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑥～EFetchを使ってアブストラクトを抽出～
かなり間隔があいてしまいましたが、
論文情報をまとめて取るシリーズの最新版です。
今回はEFetchを用いて、アブストラクトを取ってこようと思います。
これまでの記事の内容が理解できていることを前提としたいと思います。
これまでの記事はこちら
● Pythonで論文情報をまとめてゲットする① ～ PubMed APIについて ～
● Pythonで論文情報をまとめてゲットする② ～ 下準備 ～
● Pythonで論文情報をまとめてゲットする③ ～ ESearchを使ってPMIDを取得 ～
● Pythonで論文情報をまとめてゲットする④ ～ESummaryを使って論文タイトルを取得 ～
● Pythonで論文情報をまとめてゲットする⑤ ～ Openpyxlを使ってExcelファイルとして保存する ～
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